Theo một số nhà nghiên cứu, khi làm Án sát ở Quảng Ngãi, chính Phạm Liệu lại là người phát giác đầu mối cuộc khởi nghĩa Duy Tân năm 1916, đưa đến cuộc thảm sát hàng loạt nhà cách mạng như Trần Cao Vân, Thái Phiên...[4] Trong sách "Chí sĩ Trần Cao Vân" (Nhà xuất bản Đà Nẵng 1999) do Trần Trúc Tâm (người gọi cụ Trần Cao Vân là cố) sưu tầm, biên soạn, tác giả đã phê phán: "Phạm Liệu - một tiến sĩ đứng đầu "Ngũ phụng tề phi" của đất Quảng Nam, nỡ đem tài học vấn của mình giúp cho chính quyền bảo hộ khám phá bí mật của công cuộc khởi nghĩa Duy Tân 1916".[1] Tuy nhiên, theo nhà nghiên cứu Trương Duy Hy, một thủ bút của một người gọi là Phán Trứ báo cáo với Tòa Khâm về vụ khởi nghĩa đã được tìm thấy, chứng minh Phạm Liệu không hề hay biết vụ khởi nghĩa đó. Cũng theo nhà nghiên cứu Trương Duy Hy, Phạm Liệu chỉ biết tin trong đêm khởi nghĩa thất bại, vua Duy Tân bị bắt khi ông nhận được lệnh của Tổng đốc Quảng Ngãi yêu cầu tăng cường an ninh tại địa phương.[3]